Diagnostická souprava ngs ONCO anti-EGFR

NGS diagnostická souprava pro optimalizaci léčby kolorektálního a nemalobuněčného karcinomu plic. Souprava obsahuje panel vybraných hot spotových oblastí, ve kterých se vyskytují mutace důležité pro rozhodnutí nasazení vhodné léčby pro daného pacienta. Souprava je navržena pro vzorky DNA izolované z tkání a tkáňových bločků (FFPE). Je k dispozici ve verzi pro zpracování 24 vzorků a 64 vzorků.

Princip NGS metody

Anti-EGFR terapie vs. NGS diagnostika

Kat. č. 3301-024	ngsONCO anti-EGFR	24 reakcí
Kat. č. 3301-064	ngsONCO anti-EGFR	64 reakcí

Stáhnout materiály

Klinické souvislosti

U karcinomu kolorekta jsou nejdůležitější mutace v genech KRAS, NRAS a BRAF, kde v případě mutace v některém ze zmíněných genů pacient neprofituje z anti-EGFR léčby. Podobně tomu je u plicního karcinomu – zde je důležitý gen EGFR. Diagnostická souprava na přípravu vzorků pro amplikonové sekvenování na přístroji Illumina MiSeq. Součástí kitu je bezplatné používání hodnotícího softwaru ERMI k jehož používání nejsou potřeba žádné předchozí bioinformatické znalosti.

Parametry diagnostického kitu

• Diagnostický test pro next-generation sequencing (NGS) na platformě Illumina MiSeq^®
• Použití až pro 64 vzorků v sekvenčním cyklu (při použití sekvenační chemie v2 300 cyklů)
• Panel 8 relevantních genů pro molekulární diagnostiku somatických mutací u kolorektálního karcinomu, rakoviny plic a melanomů s použitím anti-EGFR protilátkové terapie
• Primery navržené pro multiplexní PCR přípravu knihovny s uniformním pokrytím
• Vhodný pro FFPE vzorky o vstupním množství DNA od 20 ng
• Jednoduchý protokol pro přípravu knihoven, doba přípravy knihovny včetně poolování vzorků do 48 hodin
• Vývoj ve spolupráci s odborníky z Kliniky Onkologie, Všeobecné fakultní nemocnice v Praze
• Software ERMI poskytuje uživatelsky přívětivou analýzu dat a generuje výsledkový protokol

Složení kitu ngs ONCO anti-EGFR

	Název reagencie	Účel
	Master Mix 1
	Master Mix 2
	Primer Mix anti-EGFR	Multiplex PCR primer mix
	Primer F01-F08	Specifické primery s barcode sekvencemi
	Primer R01-R08	Specifické primery s barcode sekvencemi
	SP_Read1	Sekvenační primery
	SP_IndexR1	Sekvenační primery
	SP_Read2	Sekvenační primery
	Magnetic beads	Purifikace knihovny
	Elution buffer	Purifikace knihovny

Panel genů obsažených v diagnostické soupravě ONCO anti-EGFR

KRAS	chr 12	exon 2	exon 3	exon 4
BRAF	chr 7	exon 11	exon 15
NRAS	chr 1	exon 2	exon 3	exon 4
EGFR	chr 7	exon 18	exon 19	exon 20	exon 21
PIK3CA	chr 3	exon 21
AKT1	chr 14	exon 3	exon 4
HER2	chr 17	exon 24
SMAD	chr 18	exon 12